Ce que tu as fait est bien. Si c'est une branche qui est atteinte, il vaut mieux la couper. Si c'est le tronc, tu peux cureter la blessure du mieux possible. Puis traitement au cuivre, puis quand c'est sec, appliquer un goudron végétal avec fongicide.
Pour le curetage voilà la marche à suivre : http://gardenbreizh.org/photos/Oli/album-542.html
Avant toute iuntervention, désinfecte les outils avec de l'alcool à brûler.